元气骑士中的融合武器系统是游戏深度玩法的重要组成部分，玩家可以通过特定配方将两把或三把基础武器合成为更强大的新武器。融合武器的获取方式较为特殊，无法通过锻造台直接制作，必须在地牢中按照既定规则进行合成操作。初始房间内无法进行融合，这是许多玩家初次尝试失败的主要原因。融合武器的种类涵盖了近战、远程、元素攻击等多种类型，每种融合武器都具备独特的攻击模式和战斗效果。
武器融合的基础操作流程较为统一，玩家需先通过锻造台打造所需的子武器，随后装备这些武器进入地牢。当遇到新武器时进行切换，系统会出现融合按钮，点击即可完成合成。对于需要三把武器合成的特殊配方，操作方式为背上一把、手持一把、地面放置一把。带有配件的武器在融合前需卸下配件，否则配件会在融合过程中消失。融合武器的强度普遍高于基础武器，但部分武器会改变原有攻击方式，需要玩家适应新的操作节奏。
近战类融合武器中，光剑土豪金由光剑红、光剑蓝、光剑绿三色光剑合成，具备优秀的防御弹幕能力；雷剑则由火焰剑与冰霜剑融合而成，攻击时能释放范围闪电。投掷类融合武器如宙斯之矛，由雷电战锤和电弧手里剑合成，投掷后可产生连锁电流效果。特殊系列武器如时代冲锋枪系列，通过欠欠时代冲锋枪逐步合成更高级的次次次时代冲锋枪，每阶段性能都有显著提升。生活类融合武器如千本嘤，由千本与各类鹰系武器合成，兼具娱乐性和实用功能。
鹰系武器的融合规则较为复杂，任意两把非红武的鹰类武器（如沙鹰、火焰之鹰、粒子之鹰等）加上樱花霰弹枪可合成嘤嘤鹰，但雪人之鹰作为红武不能参与合成。雪狐系列则遵循线性升级规则，雪狐L叠加合成雪狐XL，最终可得到雪狐XXL。部分融合武器如群星之弓需要三持操作，合成公式为火焰弓+冰霜弓+珺之弓，这类武器往往具备改变战局的强大特效。武器融合系统不仅丰富了游戏玩法，也为玩家提供了探索不同战斗风格的可能性。
融合武器的强度差异明显，部分武器如雷剑、光剑土豪金在实战中表现突出，而嘤嘤鹰等武器则更偏向娱乐性质。玩家在选择融合路线时，需要考虑当前角色的技能适配性以及地牢环境特点。部分融合武器如彩虹加特林虽然输出惊人，但蓝耗较高，需要合理搭配天赋和技能。随着游戏版本更新，融合武器库不断扩充，新加入的配方往往具有更复杂的合成条件和更独特的攻击特效，这要求玩家持续关注游戏动态并掌握最新的融合技巧。
武器融合系统的深度还体现在配件与天赋的协同效应上，某些融合武器在获得特定天赋后会产生质变效果。例如元素类融合武器搭配元素暴击天赋可大幅提升输出效率，而近战类融合武器配合近战反弹天赋则能显著增强防御能力。玩家在长期游戏过程中，需要逐步积累各类融合武器的使用经验，形成个性化的武器搭配方案。部分赛季限定武器也采用了融合机制，这些特殊武器往往具有限时获取的特点，为游戏增添了收集要素和重复游玩的动力。
