玩家可以捕获多只传说级口袋妖怪，包括急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟以及超梦等。这些神兽通常隐藏在特定地图区域，需要完成主线剧情或解谜后才能触发捕捉条件。其中超梦作为游戏中最强的传说宝可梦，需通关后前往水体镇道馆所在城镇的洞穴深处遭遇70级个体，而三圣鸟则分布在不同地形环境中，闪电鸟位于废弃发电厂内部，急冻鸟需在双子岛通过推石解谜抵达平台，火焰鸟则栖息于彩虹七岛第一岛山顶洞穴。捕获时建议携带足够的高级球和状态异常道具，部分神兽如超梦推荐使用大师球确保成功率。
三圣兽（雷公、炎帝、水君）的捕捉机制较为特殊，它们会在通关后随机出现在地图草丛中。根据玩家选择的初始宝可梦类型，三圣兽的初始出现位置会有所差异，例如雷公常出没于沙狐乐园区域2。捕获策略上需准备60级以上的耿鬼，搭配催眠术、黑暗眼神等技能防止逃跑，同时携带超级球和HP恢复道具。由于三圣兽会随时间变换栖息地，建议在选定草丛前存档，通过反复读档调整遭遇概率。沙狐乐园内捕获水君时可采用特定投喂技巧，先使用沙狐球激发高兴状态再投掷食物，交替操作能显著提升捕获率。
游戏后期新增的七岛区域隐藏着更多传说宝可梦，如洛奇亚出现在第三海峡，需穿过刚上岛3右侧的隧道；固拉多则位于灯火山右侧被火箭队封锁的洞穴底层。这些神兽的触发条件往往与特殊道具相关，例如拉帝欧斯需要在岛4精灵中心旁的小水池使用冲浪术反复游动才有几率出现。对于冰神柱这类特殊形态神兽，必须前往阴森洞穴——即冰系天王对抗火箭队的场景区域才能遭遇。建议玩家在探索时随身携带各种钓竿和秘传技能机器，部分水域神兽需要超级钓竿才能触发。
关于神兽的实战培养价值，超梦凭借高达154的特攻种族值成为队伍核心输出首选，而三圣鸟则各具战术特色：闪电鸟的电系技能压制水系对手，急冻鸟的冰系招式克制龙系，火焰鸟的火系攻击能有效对抗草钢属性。三圣兽更偏向战术辅助，水君的镜反特性适合反制特攻手，雷公的高速电系打击面广，炎帝的圣火具备稳定烧伤效果。需部分神兽如盖欧卡只能在双子岛急冻鸟平台右下角，对着激流使用超级钓竿才有极低概率出现，这类稀有神兽往往需要投入大量时间尝试。
捕获后的养成环节需注意神兽的升级曲线差异，超梦在50级后学习精神破坏能形成毁灭性打击，而三圣鸟在45级左右会掌握本系最强技能。个体值培育方面，建议通过战斗边疆的评定功能筛选高个体神兽，对于需要特定性格的传说宝可梦，可使用同步特性宝可梦置于队首来提升50%的性格匹配概率。技能搭配上，超梦适合配置精神干扰+影子球+冰冻光束+自我再生的全能型组合，三圣鸟则推荐本系大招配合羽栖恢复的耐久打法。神兽的加入能大幅提升后期战斗效率，但需注意部分对战设施会限制传说宝可梦的使用。
